COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 13.942913
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 13.910571
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 13.914113
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 13.920286
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 13.867153
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.806536
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.815082

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 5.152105 12.392215 12.060020
2021-02-20 17:00:00 10.325507 13.153682 12.017188
2021-02-19 17:00:00 20.000000 12.170485 11.874116
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.885616
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 11.690113
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 11.430109
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.536752 11.061728

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 12.578155
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 12.748584
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.349131 13.056109
2021-02-18 17:00:00 13.619632 13.619632 13.489015
2021-02-17 17:00:00 11.409396 11.409396 13.956363
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 14.399772
2021-02-15 17:00:00 12.946429 15.148862 14.758929

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.543973
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.559801
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 8.294128
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 8.167082
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 8.123075
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 8.037940
2021-02-15 17:00:00 9.384164 9.384164 7.882794

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 12.560924
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 12.628276
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 12.729919
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 12.811726
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 12.835690
2021-02-16 17:00:00 17.466913 12.977835 12.973778
2021-02-15 17:00:00 14.721122 13.050353 13.258437

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 26.956953
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 26.820597
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 26.747288
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 26.503846
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 26.260281
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 26.093970
2021-02-15 17:00:00 42.279635 26.442353 25.979114

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.331476
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 12.349083
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 12.364737
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.534459
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.539383
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.541260
2021-02-15 17:00:00 9.638554 12.046170 12.640295

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.665693
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.645659
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.638411
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.667990
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.663185
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.599641
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.426841 5.544642

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 11.608380
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 11.503741
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 11.447080
2021-02-18 17:00:00 10.943644 12.940721 11.417201
2021-02-17 17:00:00 10.058594 11.981388 11.482043
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.457895
2021-02-15 17:00:00 13.739377 7.627285 11.532953

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.407462
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.262814
2021-02-19 17:00:00 23.476013 34.859122 23.062063
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 22.782944
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 22.533479
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 22.370267
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 22.126483

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 14.126737
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 13.909244
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 13.947759
2021-02-18 17:00:00 10.652783 15.274189 14.020019
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 13.927480
2021-02-16 17:00:00 9.248748 15.726210 13.659670
2021-02-15 17:00:00 21.297837 12.944420 13.510682

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 9.823731
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 9.716384
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 9.718079
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 9.731142
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 9.617252
2021-02-16 17:00:00 2.405498 9.893617 9.487142
2021-02-15 17:00:00 12.023460 4.505495 9.517684

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 70.201013
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 71.552537
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 72.474440
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 73.884501
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 76.338776
2021-02-16 17:00:00 155.371901 88.958991 78.618866
2021-02-15 17:00:00 52.475248 33.650794 80.461015

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 81.206660
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 80.532563
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 80.746531
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 79.936290
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 80.255501
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 79.344440
2021-02-15 17:00:00 16.560510 159.872611 77.536259

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 12.425208
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 12.426743
2021-02-19 17:00:00 17.231378 10.125247 12.578727
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 12.521363
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 12.438088
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.328189
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.752898 12.166848

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 45.038622 19.503409 20.655216
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 20.913375
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 21.177696
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 21.908925
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 22.237782
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 22.207363
2021-02-15 17:00:00 17.903477 22.142029 22.749767

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 3.959685
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 3.976485
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.011864
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.063617
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.225072
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.244770
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.305935

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 8.808401 10.212173 9.031824
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 9.082377
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 9.034829
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.220436
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.409497
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 9.669774
2021-02-15 17:00:00 8.266932 6.115870 9.865644

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 7.757116
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 7.676359
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 7.602896
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 7.514307
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.431945
2021-02-16 17:00:00 5.905826 5.905826 7.336197
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.390194 7.363535

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 29.781376
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 29.367545
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 29.448832
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 28.904871
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 28.476891
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 28.151477
2021-02-15 17:00:00 64.497041 29.153880 27.245299

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.070469
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.313953
2021-02-19 17:00:00 4.597701 7.766990 7.564555
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 7.810906
2021-02-17 17:00:00 14.736842 14.736842 7.935653
2021-02-16 17:00:00 3.225806 4.210526 8.343020
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.473684 8.763137

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-21 17:00:00 14.265845 26.421343 22.259886
2021-02-20 17:00:00 36.837430 19.455138 22.457416
2021-02-19 17:00:00 inf 24.537815 22.773620
2021-02-18 17:00:00 30.647059 20.264706 22.909372
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 23.212577
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 23.499104
2021-02-15 17:00:00 17.007763 25.669437 23.435833

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.152105 12.392215 12.060020
Basilicata 9.878419 9.878419 12.578155
Calabria 8.709016 8.709016 8.543973
Campania 12.256968 12.256968 12.560924
Emilia-Romagna 34.037861 34.037861 26.956953
Friuli Venezia Giulia 18.020305 18.020305 12.331476
Lazio 7.537399 7.537399 5.665693
Liguria 14.785992 14.785992 11.608380
Lombardia 22.186921 22.186921 23.407462
Marche 11.940299 11.940299 14.126737
Molise 7.127660 7.127660 9.823731
P.A. Bolzano 59.280303 59.280303 70.201013
P.A. Trento 77.083333 77.083333 81.206660
Piemonte 14.354752 14.354752 12.425208
Puglia 45.038622 19.503409 20.655216
Sardegna 2.584182 2.584182 3.959685
Sicilia 8.808401 10.212173 9.031824
Toscana 8.552748 8.552748 7.757116
Umbria 25.738799 25.738799 29.781376
Valle d'Aosta 3.968254 3.968254 7.070469
Veneto 14.265845 26.421343 22.259886

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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